Die Produktion der NEPTUN WERFT ist in zwei Bereiche unterteilt – in die Vormontage und die Endmontage. In der Vormontage werden hochausgerüstete Module unter Berücksichtigung von klar definierten Planungs-, Qualitäts- und Fertigungsprozessen gebaut. Die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter der Endmontage montieren die von der Vormontage oder von externen Partnerunternehmen gelieferten vorausgerüsteten Bauteile und Sektionen. Dies geschieht nach dem Lego-Prinzip: Die einzelnen Bauteile werden zu einem Schiff oder zu einem schwimmenden Maschinenraummodul vereint, verschweißt und verkabelt.

In der Produktion beschäftigt die NEPTUN WERFT Menschen verschiedener Berufsgruppen, zum Beispiel Maschinenbauerinnen und -bauer sowie Rohrschlosserinnen und -schlosser.